-HPF (hi-pass filter - na verdade abreviando o termo high-pass filter): filtro passa-altas, ou seja, passam sinais de frequência acima da especificada. Ex.: HPF ajustado em 40 Hz - só passa de 40 Hz p/ cima. Abaixo disso é filtrado.
-LPF (low-pass filter): filtro passa-baixas. O oposto do hi-pass. É filtrado o sinal de frequência acima do ajustado. Ex.: um LPF ajustado em 300 Hz filtra o que está acima de 300 Hz; só deixa passar até 300 Hz.
Low-cut e hi-cut são sinônimos de HPF e LPF, respectivamente. Note: cut é corte (verbo cortar), em inglês. Logo, num low-cut vc "corta" as frequências abaixo do valor especificado. Num hi-cut, vc "corta" o que vem acima do valor ajustado.
Existem tb os filtros chamados band-pass, que são uma junção do modo de funcionamento LPF e do HPF, de modo que se cortem as frequências acima de um valor, e abaixo de outro, e só passa uma certa faixa de frequências. Ex.: "juntando" um LPF de 1000 Hz e um HPF de 100 Hz, só passa sinal de 100 Hz a 1000 Hz.
-Bypass: significa passar direto/deixar passar direto. Por exemplo, num EQ, ao acionar o botão "bypass", ele deixa o sinal passar direto, como se não houvesse EQ no caminho.
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Sobre a pergunta inicial, se ñ for feito o corte correto podem acontecer cancelamentos, mas, penso eu, não "na origem" (ou seja, nas caixas), mas sim devido a eventuais interações com o ambiente (acústica). O que acontece mesmo é uma sobra, uma sobreposição de frequências.
Tb pode acontecer de o sub estar com polaridade invertida em relação à caixa top, e, sem o corte correto, nas frequências "faladas" ao mesmo tempo pelas duas, claro, pode haver problema.
O ideal é fazer o corte conforme recomendado pelos fabricantes.
Abraço!